抗戰(zhàn)勝利后，學(xué)校陸續(xù)遷返集美，修復(fù)校舍，繼續(xù)辦學(xué)。解放戰(zhàn)爭時期，師生們和遠在南洋的陳嘉庚先生相互守望，共同迎接全國解放和學(xué)校的新生。
校舍嚴(yán)重損毀
1937年前，集美學(xué)校原有樓房20多座，平屋幾十座，歷年來所用的建筑費達300多萬元。自從廈門淪陷日寇之手，集美美麗的校舍就經(jīng)常受到敵機、敵炮的轟擊。在敵人的狂轟濫炸下，集美學(xué)校全部校舍都遭到破壞，有的被燃燒彈燒成一座空殼，有的被炸彈大炮轟成一片瓦礫，即使沒有倒塌的，也被炸彈槍彈打得百孔千瘡。第二號漁輪被填沉了，集美第一號、第三號實習(xí)輪也被毀壞了，兩艘端艇停放在碼頭，連端艇室一起被炸得尸骨無存。尤其可惜的是圖書館所藏的二十多年來京滬各大報的合訂本，也被炸光了。至于桌椅床鋪被炸毀及損失的，數(shù)以萬件，根本無法統(tǒng)計。
校舍修復(fù)與回遷
1945年4月，學(xué)校為復(fù)遷開始修復(fù)校舍，先后修復(fù)了允恭樓、尚忠樓、誦詩樓、文學(xué)樓、敦書樓、科學(xué)館、崇儉樓等等。到1946年秋，復(fù)遷計劃的前兩期工作業(yè)已完成。
學(xué)校內(nèi)遷大田縣七年半。l945年下半年，水產(chǎn)航海學(xué)校在集美原址上課；商業(yè)學(xué)校在安溪縣城上課。1946年1月，商業(yè)學(xué)校遷返集美。春季，科學(xué)館修復(fù)后，分散在各地的設(shè)備運回集美，集中整理后開放，教室、實驗室、陳列室、暗室、X光室等均恢復(fù)原樣。同時，重整氣象臺，增設(shè)播音室，各校還裝設(shè)收音機，以充實電化教育。夏季，圖書館修復(fù)后，全部圖書集中整理。
1949年4月，商得陳嘉庚同意，籌設(shè)航海?？茖W(xué)校，并報請教育廳轉(zhuǎn)教育部立案。同月，陳嘉庚函示繪制集美學(xué)校擴大計劃藍圖。
提高學(xué)生素質(zhì) 活躍校園生活
復(fù)遷以后，學(xué)校對于環(huán)境的整理、設(shè)備的補充均竭盡心力，以圖恢復(fù)戰(zhàn)前舊觀。在設(shè)備方面，校董會已另設(shè)圖書館、科學(xué)館、醫(yī)院等獨立機構(gòu)，以供各校應(yīng)用。學(xué)校把學(xué)生素質(zhì)的提高作為首要任務(wù)，在課程調(diào)整、教材選擇、加緊課業(yè)進度等方面無不積極進行。其他如考試制度的改善、錄取新生采取寧缺毋濫的主張等，都務(wù)使學(xué)生程度能達到理想的目標(biāo)。至于課外活動，學(xué)校也多方策動，以求學(xué)生身心高度發(fā)展。
商業(yè)學(xué)校創(chuàng)辦的初衷，原為造就大批商業(yè)專門人才，使其出校后能負起振興我國幼稚工商業(yè)之重任。故在校中之施教方針，不但注重商業(yè)學(xué)識之研究，對于實際應(yīng)用技術(shù)之訓(xùn)練，仍不弛松。為使學(xué)生有實際練習(xí)的機會，除了到外單位聯(lián)系實習(xí)外，還自己開設(shè)實習(xí)銀行，實習(xí)商店等。1947年，學(xué)校商請集友銀行撥助開辦費數(shù)百萬元，在校內(nèi)設(shè)立一所實習(xí)銀行，除經(jīng)理、出納二職由學(xué)校請職員兼任外，其余營業(yè)、會計概由應(yīng)屆畢業(yè)生的高l5組同學(xué)輪流擔(dān)任。1948年，高17組學(xué)生自己集資開辦了一個實習(xí)商店。
高級水產(chǎn)航海職業(yè)學(xué)校于1945年秋遷回集美學(xué)村原址，修葺原有之允恭樓及崇儉樓等為校舍。復(fù)員之后，學(xué)校注意改進校務(wù)，精簡行政機構(gòu)，增進工作效率。
學(xué)校強調(diào)實訓(xùn)，增定一個 《調(diào)查規(guī)則》。為使學(xué)生明了沿海各縣漁村狀況，學(xué)校特地組織漁村調(diào)查訪問團。調(diào)查訪問時間于假期舉行，二年級下期學(xué)生，全體均須參加。調(diào)查范圍包括漁村的社會組織、經(jīng)濟狀況、漁村的教育及生活狀況，漁船漁撈的方法、漁具的使用及改進、漁獲物的運銷等。團員須逐日將調(diào)查及訪問心得填載于調(diào)查日記及報告書，返校時呈交教導(dǎo)處，以憑考核。
進行專業(yè)改革。1947年9月，高級水產(chǎn)航海職業(yè)學(xué)校分設(shè)航海、漁撈兩科，打破了沿用27年的漁航混合設(shè)置，在專業(yè)設(shè)置上是一大改革。1947年秋季，招收航?？菩律?3名，漁撈科新生30名，分別編為高21組航海、高21組漁撈。漁撈科只招一屆學(xué)生就停辦了，為主辦航?？?，至1951年春季再復(fù)辦漁撈科。
在訓(xùn)育上仍然采取導(dǎo)師制，但一個較大的改革是，導(dǎo)師的人選不像以前那樣由校長選聘，而是由學(xué)生認選，導(dǎo)師又分為單個學(xué)生的導(dǎo)師和各組學(xué)生的導(dǎo)師。為使導(dǎo)師工作規(guī)范化，學(xué)校專門制定了 《導(dǎo)師制綱要》。
培養(yǎng)自治能力。在日常管理方面，學(xué)校在指導(dǎo)思想上也有明顯的改變。以“自治代管理，身教代言教”為原則，多與學(xué)生接近，打破師生間隔膜，養(yǎng)成敏捷、純正、認真、勇敢、勤勞、守時、坦白等良好習(xí)氣。在培養(yǎng)學(xué)生的自治能力方面，學(xué)生自治會發(fā)揮了重要作用。學(xué)生自治會還設(shè)有膳委會，由各組學(xué)生選出代表參加競選。膳委會每天派二人到廚房監(jiān)督全過程，稱米稱菜，逐項核算。
為了實行民主理財，學(xué)校還成立了一個“經(jīng)濟稽查委員會”，由校長、訓(xùn)導(dǎo)、事務(wù)及各組學(xué)生代表各一人組成。該委員會的任務(wù)是稽查學(xué)校為學(xué)生代辦代收款項的支配情況，使學(xué)生明了各項收支的實際情形。雖然在這個時期“以自治代管理”，但在內(nèi)務(wù)管理上仍像以前采取軍事化的嚴(yán)格管理。學(xué)校把軍訓(xùn)納入教學(xué)計劃，每學(xué)期軍訓(xùn)時間為36小時，三年共216小時。學(xué)校還完善管理規(guī)定，編成 《學(xué)生須知》，使管理有章可循，使學(xué)生知所趨避。
集美解放
1949年5月，國民黨軍隊占據(jù)了學(xué)校所有教室、辦公室和學(xué)生宿舍寢室，構(gòu)筑工事準(zhǔn)備負隅頑抗，校舍成了軍營。9月21日，解放集美的戰(zhàn)斗打響，中共中央軍委副主席周恩來的指示：“集美學(xué)校是愛國華僑陳嘉庚先生創(chuàng)辦的，一定要保護好?！比嗣窠夥跑姏Q定不組織炮兵火力進行攻擊，全部使用輕型武器。23日集美解放。學(xué)校校舍得到保護，師生無一傷亡，但人民解放軍付出了巨大的傷亡。
正當(dāng)學(xué)校師生喜氣洋洋地開始新時代的學(xué)校生活時，1949年11月11日，國民黨軍隊巨型轟炸機八架次輪番轟炸集美學(xué)校，投下重磅炸彈32枚。學(xué)校遭此慘變，不得已宣布暫時停課，并令學(xué)生暫時疏散回籍。學(xué)校一面清理被炸校舍，處理罹難員生善后事宜；一面派員分赴各地選擇臨時校舍，準(zhǔn)備遷址復(fù)課。
12月，陳嘉庚回到集美?？吹綄W(xué)校被炸，他無比憤怒，但“并不悲傷”。他說：“這是最后一次的轟炸，以后我們就可以努力加強建設(shè)了，我們應(yīng)該為集美的新生而歡呼?！?br />
（資料來源：《集美學(xué)校百年校史》、圖書館嘉庚研究數(shù)據(jù)庫）
