“十一五”期間，制藥工程系緊抓機(jī)遇，同心同德，努力工作，創(chuàng)建特色品牌，形成了辦學(xué)規(guī)模、人才培養(yǎng)、教研科研和社會(huì)服務(wù)相適應(yīng)的師資隊(duì)伍，教學(xué)質(zhì)量日益提高，科研水平顯著提升，學(xué)生就業(yè)率年年100%，成為我校招生與就業(yè)熱門專業(yè)之一。
　　學(xué)科專業(yè)建設(shè)：“十一五”期間，制藥工程系專業(yè)設(shè)置方面取得重大突破，從一個(gè)畜牧獸醫(yī)?？茖I(yè)發(fā)展為動(dòng)物醫(yī)學(xué)、制藥工程兩個(gè)本科專業(yè)和畜牧獸醫(yī)、生物制藥技術(shù)兩個(gè)?？茖I(yè)，獸醫(yī)學(xué)科被學(xué)校評為菏澤學(xué)院第一批重點(diǎn)學(xué)科，另外在基因工程、動(dòng)物營養(yǎng)與飼料等學(xué)科也獲得迅速發(fā)展。
　　同時(shí)，制藥工程系先后建立了6個(gè)專業(yè)實(shí)驗(yàn)室及1個(gè)畜禽疾病研究所，包括基礎(chǔ)獸醫(yī)實(shí)驗(yàn)室、臨床實(shí)驗(yàn)室、預(yù)防實(shí)驗(yàn)室、營養(yǎng)與飼料實(shí)驗(yàn)室和遺傳育種與繁殖實(shí)驗(yàn)室?！笆晃濉逼陂g共購進(jìn)儀器設(shè)備200余萬元，配置了多項(xiàng)大型高精密儀器設(shè)備，如PCR儀等，利用這些設(shè)備，目前可以開展和從事生化、基因工程等尖端的邊緣性試驗(yàn)教學(xué)和研究。
　　師資隊(duì)伍建設(shè)：目前，制藥工程系現(xiàn)有專兼職教師28名，其中教授2名，副教授9名，博士研究生2名，碩士研究生17名，校級(jí)學(xué)科帶頭人2名，校級(jí)學(xué)術(shù)青年學(xué)術(shù)骨干2名，師資隊(duì)伍、學(xué)歷層次日益提高。“十一五”期間，先后引進(jìn)高層次人才8名，其中博士1名，碩士7名；選派多名教師到中國農(nóng)業(yè)大學(xué)、北京林業(yè)大學(xué)、山東大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)習(xí)進(jìn)修，其中，到丹麥參加科研合作的有1名。
　　教學(xué)科研工作：制藥工程系堅(jiān)持抓好教學(xué)常規(guī)管理與檢查，認(rèn)真制定各教學(xué)階段及教學(xué)環(huán)節(jié)工作的實(shí)施計(jì)劃和檢查方案，制訂了《動(dòng)科系教學(xué)委員會(huì)工作條例》，形成了聽課、督導(dǎo)檢查制度，檢查任課教師課堂教學(xué)、教學(xué)改革、教學(xué)進(jìn)度、教案編寫、學(xué)生作業(yè)布置及批閱等教學(xué)情況，召開學(xué)生座談會(huì)，認(rèn)真聽取學(xué)生對任課教師及系和學(xué)院教學(xué)管理的意見，并提出了整改方案，同時(shí)以適當(dāng)方式向有關(guān)教師和部門做了反饋，保證了正常的教學(xué)秩序。
　　五年間，制藥工程系先后在省級(jí)以上刊物發(fā)表教學(xué)及科研論文210余篇，其中國家級(jí)中文核心期刊160余篇，發(fā)表在SCI或被其收錄10篇。由山東省教育廳、菏澤市科技局、菏澤學(xué)院等結(jié)項(xiàng)的科研項(xiàng)目18項(xiàng)，其中山東省教育廳2項(xiàng)，菏澤市科學(xué)技術(shù)局5項(xiàng)，菏澤學(xué)院項(xiàng)目7項(xiàng)，科研經(jīng)費(fèi)達(dá)到80余萬元，目前在研項(xiàng)目還有6項(xiàng)。
　　實(shí)踐與就業(yè)工作：制藥工程系根據(jù)本專業(yè)的技術(shù)性、專業(yè)性特點(diǎn)，積極開展隨堂實(shí)習(xí)、課程實(shí)驗(yàn)、基地參觀、教學(xué)集中實(shí)習(xí)等多種形式，積極與菏澤市獸藥飼料監(jiān)察所、菏澤市獸醫(yī)站、菏澤市種羊場、煙臺(tái)益生種畜禽有限公司、青島正大種雞廠等建立實(shí)習(xí)基地，提高了學(xué)生動(dòng)手實(shí)踐能力。緊密配合學(xué)校招生就業(yè)部門，做好畢業(yè)生就業(yè)指導(dǎo)工作，建立了畢業(yè)生就業(yè)跟蹤調(diào)查檔案，主動(dòng)為畢業(yè)生聯(lián)系就業(yè)單位，幫助學(xué)生減輕就業(yè)壓力。僅2009年12月份舉行的2010屆畢業(yè)生與用人單位供需見面會(huì)，參加用人單位30余家，共提供300多個(gè)崗位，初步簽訂就業(yè)意向的的人數(shù)為106人，初步意向達(dá)成率100%，一次實(shí)際就業(yè)率為100%。
　　服務(wù)地方行動(dòng)：制藥工程系充分利用我校畜禽研究所良好的社會(huì)聲譽(yù)和知名品牌，審時(shí)度勢，提出了為加快畜牧業(yè)發(fā)展，推進(jìn)農(nóng)業(yè)結(jié)構(gòu)戰(zhàn)略性調(diào)整，開展義務(wù)診療服務(wù)活動(dòng)，有力地推動(dòng)了我市畜牧業(yè)向規(guī)模化、產(chǎn)業(yè)化方向的發(fā)展，創(chuàng)造了良好的經(jīng)濟(jì)效益和社會(huì)效益。在學(xué)校組織的大學(xué)生科技下鄉(xiāng)服務(wù)團(tuán)活動(dòng)中積極圍繞良種繁育、禽畜防疫、飼料獸藥供應(yīng)提供免費(fèi)的科技服務(wù)。2006年至今制藥工程系師生共舉辦各類養(yǎng)殖培訓(xùn)班32期，接受各類養(yǎng)殖培訓(xùn)的達(dá)50000余人，有效地提高了養(yǎng)殖戶科學(xué)養(yǎng)殖和管理水平，也為優(yōu)化養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展環(huán)境提供了堅(jiān)強(qiáng)有力地服務(wù)保障，有力地推動(dòng)了畜牧業(yè)的健康發(fā)展。