從1998年開始，為配合政府機(jī)構(gòu)改革和職能轉(zhuǎn)變，國家對國務(wù)院部門（單位）所屬學(xué)校集中進(jìn)行了大規(guī)模的調(diào)整，確立了中央和省級政府兩級辦學(xué)，以地方統(tǒng)籌管理為主的新的高等教育管理體制。在這次高等教育管理體制改革中，學(xué)院的隸屬關(guān)系發(fā)生了深刻變化。1999年1月12日，國務(wù)院印發(fā)了《關(guān)于調(diào)整五個(gè)軍工總公司所屬學(xué)校管理體制的決定》 （國發(fā) 〔1999〕 3號），作出了對航空、航天、兵器、船舶、核工業(yè)五個(gè)軍工總公司所屬學(xué)校管理體制進(jìn)行調(diào)整的決定。

1999年3月16日，《國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)教育部等部門關(guān)于調(diào)整五個(gè)軍工總公司所屬學(xué)校管理體制的實(shí)施意見的通知》（國辦發(fā)〔1999〕24號）公布，對調(diào)整方案、實(shí)施辦法、實(shí)施的組織和步驟作出了明確規(guī)定。1999年4月6日至9日，國防科工委會同教育部、國家計(jì)委、財(cái)政部組織召開了五個(gè)軍工總公司所屬學(xué)校管理體制調(diào)整工作會議。根據(jù)有關(guān)文件精神，五個(gè)軍工總公司向17個(gè)省市和國防科工委辦理了39所學(xué)校（25所高校、14所直屬中專）的交接手續(xù)。至此，長春光學(xué)精密機(jī)械學(xué)院的管理體制由以中國兵器工業(yè)總公司管理為主調(diào)整為吉林省與國防科工委共建，以吉林省管理為主。

在這次高等教育管理體制改革過程中，學(xué)院經(jīng)過多方努力，保持全國招生不變，國防科研項(xiàng)目渠道不變，7個(gè)專業(yè)被列為國家管理的國防特色專業(yè)，實(shí)現(xiàn)了管理體制改革的平穩(wěn)過渡。同時(shí)，面對高等教育管理體制改革所帶來的影響，學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)班子審時(shí)度勢，不失時(shí)機(jī)地確立了“立足吉林、服務(wù)國防、尋求機(jī)遇、加快發(fā)展”的辦學(xué)思路，在人才培養(yǎng)、科學(xué)研究、服務(wù)社會等方面，增強(qiáng)了為吉林省和國防科技工業(yè)服務(wù)的能力與水平。

2000年8月，根據(jù)《吉林省人民政府辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)省教育廳等部門制定的關(guān)于調(diào)整省政府有關(guān)部門（單位）所屬學(xué)校管理體制的實(shí)施方案的通知》（吉政辦發(fā) 〔2000〕 85號），長春建筑材料工業(yè)學(xué)校并入學(xué)院。院長姜會林在干部大會上強(qiáng)調(diào)，長春建筑材料工業(yè)學(xué)校并入長春光學(xué)精密機(jī)械學(xué)院實(shí)行實(shí)質(zhì)性并入，同時(shí)對并入后的機(jī)構(gòu)設(shè)置，原長春建筑材料工業(yè)學(xué)校的人事、財(cái)務(wù)、后勤、國有資產(chǎn)管理及教職工的福利待遇等政策進(jìn)行了說明。他要求，全體干部要充分認(rèn)識合并是學(xué)院改革的重大舉措，有利于兩校的共同發(fā)展；要服從大局，政令統(tǒng)一，步調(diào)一致，順利實(shí)施并入的各項(xiàng)工作，共同建設(shè)好組合后的長春光學(xué)精密機(jī)械學(xué)院。

長春建筑材料工業(yè)學(xué)校的并入，使學(xué)院新增校園面積 17.59萬平方米、建筑面積4.99萬平方米、固定資產(chǎn) 3100萬元，新增在校生 2458人、教職工287人，擴(kuò)大了辦學(xué)空間，增強(qiáng)了辦學(xué)實(shí)力。這是學(xué)院抓住高等教育擴(kuò)招的歷史機(jī)遇，使辦學(xué)規(guī)模迅速擴(kuò)大的重要舉措。

國家高等教育管理體制改革是歷史之勢、大勢所趨，學(xué)院積極響應(yīng)國家號召，一方面認(rèn)真貫徹落實(shí)黨和國家關(guān)于高等教育改革發(fā)展的一系列方針政策，服從管理體制調(diào)整；另一方面緊緊抓住國家實(shí)施科教興國戰(zhàn)略、國防科技工業(yè)戰(zhàn)略重組的歷史機(jī)遇，凝聚力量，扎實(shí)工作，走跨越式發(fā)展道路。雖劃歸吉林省政府管理，但自強(qiáng)不息的長理人立足軍工的辦學(xué)特色沒有變，科技報(bào)國的情懷沒有變，為國擔(dān)當(dāng)?shù)某跣母鼪]有變。